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云南省林业科学院现辖科研机构七所（林业研究所、经济林木研究所、森林保护研究所、林产工业研究所、林业科技信息研究所、热带林业研究所、油茶研究所）一院（漾濞核桃研究院）两园（昆明树木园、西双版纳热带树木园）两室（云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室、云南省森林植物培育与开发利用实验室）三场站（普文试验林场、漾濞研究站、广南研究站）一部（《西部林业科学》编辑部）两站（人事部博士后科研工作站、大姚核桃研究站）。现拥有在职专业技术人员200人，其中高级职称42人，中级职务56人，硕士导师9人，博士、硕士24人，云南省中青年学术和技术带头人及后备人才3人，云南省技术创新人才及后备人才16人，云南省优秀专业技术人才4人，享受云南省政府特殊津贴9人，享受国务院特殊津贴2人；国家林业科技贡献奖1人。
云南省林业科学院现已建成科研大楼、重点实验室、自控温室、组织培养室及标本楼等共13000平方米。拥有科研设备919台（其中10万元以上有14台；从美国、德国、日本、瑞士等国进口大型仪器设备30多台），保存植物标本4.3万份，昆虫标本4万份，木材及木材切片标本3500号，具备了较完善的现代实验手段。在院内以局域网与宽带并行的方式，实现了国际网络互联。与省林学会联办的《西部林业科学》现聘有4位院士担任首席编委，曾获全国优秀科技期刊三等奖、省优秀科技期刊二等奖。现被列入中国林业核心刊物。
截止到2011年，中国林业科学研究院林业研究所直属机构包括管理机构、研究机构、专题研究开发机构和野外台站4个部分。职工146人，其中研究员30人，有65人拥有博士学位, 19人拥有硕士学位。中国工程院院士1人，国务院参事1人，博士生导师23人。研究所有二级学科12个，研究方向30多个，5个博士授权专业，7个硕士授权专业。
研究所设有1个部级重点实验室－－国家林业局林木培育重点开放性实验室，科研办公大楼8720平方米，种子检验中心1200平米，现代化温室3456平方米。10万元以上仪器设备87台套 。
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